fastq-dl este un instrument pentru descarcarea fisierelor FASTQ din Arhiva Europeana a Nucleotidelor sau din Arhiva de citire a secventelor.

fastq-dl ia o aderare ENA / SRA (studiu, experiment sau executie) si interoga ENA (prin Data Warehouse API) pentru a determina metadatele asociate. Apoi descarca fisiere FASTQ pentru fiecare Run. Pentru esantioane sau experimente cu mai multe rulari, utilizatorii pot imbina optional rularile.

Alternative

fastq-dl, este un spin-off al ena-dl, care a fost dezvoltat pentru utilizare cu Bactopia. Avand in vedere acest lucru, EBI / NCBI si ofera propriile instrumente (enaBrowserTools si SRA Toolkit) care ofera un acces mai extins la bazele lor de date.

Bioconda

fastq-dl este disponibil de la Bioconda si va recomand cu tarie sa mergeti pe acest traseu pentru instalare.

conda create -n fastq-dl -c conda-forge -c bioconda fastq-dl conda activate fastq-dl

fastq-dl necesita un singur studiu ENA / SRA, Experiment sau Run accession si vor fi descarcate toate FASTQ-urile pentru toate rularile care intra sub accesiunea data. De exemplu, daca se acorda o aderare la studiu, toate descarcarile din acea umbrela de studii vor fi descarcate. Ceea ce arhiva pentru a descarca de la, fie ENA sau SRA , este de asemenea necesara.

Iesire de utilizare

utilizare: fastq-dl [-h] [–aspera STRING] [–aspera_key STRING] [–aspera_speed STRING] [–is_study] [–is_experiment] [–is_run] [–group_by_experiment] [- group_by_sample] [–outdir OUTPUT_DIR] [–prefix PREFIX] [–max_attempts INT] [–cpus INT] [–ftp_only] [–sra_only] [–silent] [–verbose] [–debug ]. interogare. (Studiati, experimentati sau executati aderarea) {sra, SRA, ena, ENA} Specificati ce furnizor (ENA sau SRA) sa utilizati. Valori acceptate: ENA SRA Optiuni Aspera Connect: –aspera STRING Path catre instrumentul Aspera Connect “ascp” (implicit: “care ascp”) –aspera_key STRING Path catre Aspera Connect cheie privata, daca nu este data, ghici pe baza caii ascp –aspera_speed STRING Viteza la care Aspera Connect va descarca. (Implicit: 100M) Optiuni legate de interogare: –is_study Interogarea este un studiu. –is_experiment Interogarea este un experiment.

follando española jovencitas peludas follando
sexo muy duro ancianas españolas follando
se corre en el coño de su hija porno gratis viejas
me hace una paja sexo playa nudista
porno gay en castellano videos de maduras guarras
lesbianas cagando gitanas xxx
cincuentonas porno forzadas
trios con españolas intercambio de parejas en español
glory hole españa halle berry desnuda
videos porno abuelas potno
ver sexo gratis relatos sexo con maduros
brazzers online porno andaluz
peliculas eroticas gratis madura se corre
porno hat casadas cachondas
porno traducido al español parejas liberales españolas
españolas pajeandose maduras pajeando
folladas caseras reales super mamadas
shakira follando actores porno gay españoles
coños peludos rubios potro de bilbao
fontanero cachondo seso gratis

–is_run Interogare este un Run. –group_by_experiment Group Se executa dupa accesarea experimentului. –group_by_sample Group Ruleaza dupa accesarea esantionului. Optiuni utile: –outdir Directory OUTPUT_DIR pentru a descarca fisierele. (Implicit: ./) –prefix PREFIX Prefix de utilizat pentru denumirea fisierelor jurnal (Implicit: fastq) –max_attempts INT Numar maxim de incercari de descarcare (Implicit: 10) –cpus INT Total cpus utilizat pentru descarcarea din SRA (Implicit: 1) –ftp_only FTP descarca numai. –sra_only Nu incercati sa reveniti la ENA daca descarcarea SRA nu functioneaza (de exemplu, lipsa FASTQ). – silentios Se vor imprima numai erorile critice. –verbose Imprimati textul legat de depanare. –debug Omiteti descarcarile, tipareste ce va fi descarcat. –versiunea arata numarul versiunii programului si iesi

Exemplu de utilizare

Descarcati un studiu

fastq-dl PRJNA248678 SRA fastq-dl PRJNA248678 ENA

Comenzile de mai sus vor descarca 3 runde care se incadreaza in Studiul PRJNA248678 fie din SRA (fastq-dl PRJNA248678 SRA), fie din ENA (fastq-dl PRJNA248678 ENA). Relatia Study to Run este o relatie de la 1 la multi sau pot exista multe accesari Run asociate cu o singura Aderare la studiu. Puteti utiliza –group_by_experiment pentru a grupa aceste rulari dupa accesarea experimentului (sau –group_by_sample pentru accesarea esantionului).

Descarcati un experiment

fastq-dl SRX477044 ENA

Comanda de mai sus ar descarca singura rulare din ENA care se incadreaza in Experiment SRX477044. Relatia Experiment to Run este o relatie de la 1 la mai multi sau pot exista multe accesari Run asociate cu o singura Aderare Experiment (de exemplu, resecventierea aceluiasi esantion). Desi in majoritatea cazurilor, in special pentru probele bacteriene, este o relatie de la 1 la 1. In orice caz, puteti utiliza –group_by_experiment pentru a imbina mai multe runde asociate cu o accesare Experiment intr-un singur fisier FASTQ (sau –group_by_sample pentru Sample accession).

Descarcati un Run

fastq-dl SRR1178105 SRA

Comanda de mai sus ar descarca Run SRR1178105 din SRA. Rularea accesiunilor este sfarsitul liniei (relatia 1 la 1)

Utilizarea Aspera Connect

Utilizatorii pot utiliza Aspera Connect pentru a accelera descarcarea FASTQ-urilor de la ENA. Instalarea si configurarea Aspera Connect nu fac parte din aceasta documentatie, dar va pot asigura ca este o instalare simpla.

fastq-dl SRR1178105 ENA –aspera / path / to / ascp

Comanda de mai sus va incerca sa descarce SRR1178105 folosind instrumentul ascp. In mod implicit, va incerca sa utilizeze fisierul cu cheie privata care este inclus in timpul instalarii Aspera Connect. Daca nu este gasit, va trebui sa utilizati parametrul –aspera_key pentru a specifica calea acestuia.

ARTICOLE SIMILAREDE LA ACELAȘI AUTOR