ldsc este un instrument de linie de comanda pentru estimarea ereditatii si a corelatiei genetice din statisticile rezumative GWAS. ldsc calculeaza, de asemenea, scorurile LD.
Notiuni de baza
Pentru a descarca ldsc, ar trebui sa clonati acest depozit prin intermediul comenzilor
Pentru a instala dependentele Python, veti avea nevoie de distributia Anaconda Python si managerul de pachete. Dupa instalarea Anaconda, rulati urmatoarele comenzi pentru a crea un mediu cu dependente LDSC:
Dupa ce cele de mai sus s-au finalizat, puteti rula:
pentru a imprima o lista cu toate optiunile din linia de comanda. Daca aceste comenzi esueaza cu o eroare, atunci ceva nu a functionat in timpul procesului de instalare.
Scurt tutoriale care descriu cele patru functii de baza ale ldsc (estimarea scorurilor LD, h2 si h2 partitionat, corelatia genetica, interceptarea de regresie a scorului LD) pot fi gasite in wiki. Daca doriti sa rulati testele, va rugam sa consultati wiki.
Se actualizeaza LDSC
Puteti actualiza la cea mai noua versiune a ldsc folosind git. Mai intai, navigati la directorul ldsc / (de exemplu, cd ldsc), apoi rulati
Daca ldsc este actualizat, veti vedea
in caz contrar, veti vedea o iesire git similara cu
care va spune ce fisiere au fost modificate.
videos gay xx penes enormes
seso gratis follando a mi hijastra
follando en silencio porno retro incesto
mía kalifa presentadoras desnudas
abuelas por el culo travesti paja
coños por dentro abuela española follando
compilacion anal pelis porno español online
buenas pajas porno jovencitas españolas
tetudas españolas follando con la abuela
largeporntube maduras peludas españolas
maduras pajeando andaluzas follando
falsos casting porno porno hoy
maduras follando en español mujeresfollando
viejas calientes jolla pr
porno interactivo gratis gays haciendo el amor
fotos de poyas subporno
xxx torrent magnet porno español playa
el video porno mas visto en internet lecturas porno
milf camara oculta hentai castellano
vende a su novia por dinero videos porno manga
Daca ati modificat codul sursa ldsc, git pull poate esua cu o eroare cum ar fi eroarea: Modificarile dvs. locale la urmatoarele fisiere vor fi suprascrise prin imbinare :.
In cazul in care dependentele Python s-au schimbat, puteti actualiza mediul LDSC cu
Unde pot obtine scoruri LD?
Puteti descarca scorurile LD si din Europa de Est din 1000 de genomi aici. Aceste scoruri LD sunt potrivite pentru analizele de baza ale scorului LD (interceptarea regresiei scorului LD, ereditarea, corelatia genetica, corelatia genetica intre sexe). Puteti descarca scoruri LD partitionate pentru estimarea ereditatii partitionate aici.
A sustine
Inainte de a ne contacta, incercati urmatoarele:
- Wiki contine tutoriale despre estimarea scorului LD, ereditarea, corelatia genetica si interceptarea regresiei scorului LD si a ereditatii partitionate.
- Problemele obisnuite sunt descrise in FAQ
- Metodele sunt descrise in lucrari (citate mai jos)
Daca acest lucru nu functioneaza, puteti lua legatura cu noi prin intermediul grupului google.
Probleme cu LD Hub? Trimiteti un e-mail la [email protected]
Citare
Daca utilizati software-ul sau interceptarea de regresie a scorului LD, va rugam sa citati
Bulik-Sullivan si colab. Regresia scorului LD diferentiaza confuzia de poligenicitate in studiile de asociere pe genom. Nature Genetics, 2015.
Pentru corelatie genetica, va rugam sa citati
Bulik-Sullivan, B., si colab. Un atlas de corelatii genetice intre bolile si trasaturile umane. Nature Genetics, 2015. Preimprimare disponibila pe bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/014498
Pentru eritabilitatea partitionata, va rugam sa citati
Finucane, HK si colab. Partitionarea ereditatii prin adnotare functionala utilizand statistici rezumative de asociere la nivel de genom. Nature Genetics, 2015. Preimprimare disponibila pe bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/014241
Pentru eritabilitatea stratificata utilizand adnotare continua, va rugam sa citati
Gazal, S si colab. Arhitectura dependenta de dezechilibru de legatura a trasaturilor complexe umane arata actiunea de selectie negativa. Nature Genetics, 2017.
Daca considerati ca regresia scorului LD se apropie de regresia HE este utila din punct de vedere conceptual, va rugam sa citati
Bulik-Sullivan, Brendan. Relatia dintre LD Score si Haseman-Elston, bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/018283
Pentru LD Hub, va rugam sa citati
Zheng si colab. LD Hub: o baza de date centralizata si o interfata web pentru a efectua regresia scorului LD care maximizeaza potentialul datelor GWAS de nivel sumar pentru ereditatea SNP si analiza corelatiei genetice. Bioinformatica (2016)
Licenta
Acest proiect este licentiat sub GNU GPL v3.
Autori
Brendan Bulik-Sullivan (Institutul larg al MIT si Harvard)
Hilary Finucane (Departamentul de Matematica al MIT)
