dentearl / mafTools

mafTools este o colectie de instrumente care functioneaza pe fisiere Multiple Alignment Format (maf).

Autori

Dent Earl, Benedict Paten, Mark Diekhans

Dependente

Cu exceptia dependentelor python, atunci cand o componenta lipseste o dependenta, aceasta nu va fi construita, testata sau curatata de Makefile. Daca lipsesc dependentele Python, unele module nu vor functiona si toate testele modulelor vor esua. Dependentele sonLib si pinchesAndCacti trebuie construite si plasate in acelasi director parinte ca mafTools.

• python 2.7: toate modulele.
  • scipy
  • neclintit
• sonLib: mafComparator, mafStats, mafTransitiveClosure, mafToFastaStitcher, mafPairCoverage.
• pinchesAndCacti: mafTransitiveClosure.

Instalare

1. Instalati dependente.
2. Descarcati sau clonati pachetul mafTools. Luati in considerare transformarea acestuia intr-un director frate pentru sonLib / si pinchesAndCacti.
3. cd in directorul mafTools.
4. Tastati marca.

Componente

• mafComparator Un program pentru a compara doua fisiere maf prin esantionare. Util la testarea alinierilor prezise fata de aliniamentele adevarate cunoscute.
• mafCoverage Un program pentru a calcula cantitatea de acoperire a alinierii intre o secventa tinta si toate celelalte secvente dintr-un fisier maf.
• mafDuplicateFilter Un program pentru filtrarea blocurilor de aliniere pentru a elimina speciile duplicate. Se permite sa ramana o secventa per specie, aleasa prin compararea secventei cu consensul pentru bloc si calculand un scor de similaritate intre consensul formatat IUPAC si secventa. Cel mai mare punctaj duplicat ramane sau, in cazul egalitatilor, ramane secventa cea mai apropiata de inceputul fisierului.
• mafExtractor Un program pentru extragerea tuturor blocurilor de aliniere care contin o regiune intr-o anumita secventa. Util pentru izolarea regiunilor de interes in fisiere mari maf.
• mafFilter Un program pentru filtrarea unui maf pe baza numelor de secvente. Poate fi folosit pentru a include sau exclude nume de secvente. Util pentru eliminarea secventelor straine din fisierele maf.

  incesto en espanol folladas caseras reales
  videos sexo español pajas en español
  fakings.tv coños ricos
  mujeresfollando incesto lesbianas
  folladas extremas brutal tops
  sione cooper casadas españolas follando
  gorditas tetonas mamadas de polla
  porno espania sexo hd
  joven folla por dinero porno france
  vidiosxxx peliculas eroticas italianas
  como folla mi vecina xxxespañol
  abuelasputas incestoxxx
  padre se folla a su hija follando con mi mujer
  vídeos de sexo gratis videos xxx violadas
  analxxx peliculas porno castellano
  pilladas desnudas españolas masturbandose
  pelis porno españolas abuela porno
  forzadas a follar muy maduras follando
  porno viejas en español fiestas xxx
  videos porno para mujeres gratis mi mujer me folla el culo

• mafPairCoverage Un program pentru a compara numarul de pozitii aliniate intre orice pereche de secvente dintr-un fisier maf. Poate folosi caracterul * wildcard pentru a specifica numele unei specii. Poate folosi un fisier BED pentru a limita regiunea de inspectie la doar intervalele specificate in pat. Afiseaza lungimile totale ale secventelor, numarul de pozitii aliniate, procentajul de acoperire si in cazul in care a fost specificat un fisier de pat numarul de baze in interiorul si in afara regiunii.
• mafPositionFinder Un program pentru a cauta o pozitie intr-o anumita secventa. Util pentru a determina unde in maf se afla o anumita parte a aliniamentului.
• mafRowOrderer Un program pentru a comanda liniile maf in blocuri. Util pentru mutarea unei specii de referinta in partea de sus a tuturor blocurilor. Speciile care nu sunt specificate in comanda sunt taiate automat din rezultate.
• mafSorter Un program pentru sortarea tuturor blocurilor dintr-un MAF pe baza pozitiei de start (absolute) a uneia dintre secvente. Blocurile fara secventa sunt plasate la inceputul iesirii in ordinea lor originala.
• mafStats Un program pentru a citi un fisier maf si a raporta statistici sumare despre continutul fisierului.
• mafStrander Un program pentru a impune, atunci cand este posibil, o blocare speciala pentru blocuri pentru o anumita specie si orientarea suvitei .
• mafToFastaStitcher Un program pentru convertirea unui fisier MAF bazat pe referinte intr-o secventa multipla fasta. Necesita atat un .maf cat si un fasta care contin secvente complete pentru toate intrarile din maf.
• mafTransitiveClosure Un program pentru a efectua inchiderea tranzitiva pe o aliniere. Adica verifica fiecare coloana a alinierii si cauta situatii in care o pozitie A este aliniata la B intr-o parte a fisierului si B este aliniata la C intr-o alta parte a fisierului. Inchiderea tranzitiva a acestei relatii ar fi o singura coloana cu A, B si C prezenti. Util pentru cand aveti alinieri in perechi si doriti sa le transformati in ceva care seamana mai mult cu o aliniere multipla.
• mafValidator Un program pentru a evalua daca formatarea unui fisier maf dat este sau nu valida.

Instrumente externe

• Testele interne ale mafTools utilizeaza cadrul de testare a unitatii CuTest C de la Asim Jalis (inclus in extern /). Licenta pentru CuTest este specificata in external / license.txt.
• Testele interne ale mafTools vor utiliza valgrind daca sunt instalate pe sistemul dumneavoastra.

Cum se citeaza:

Genom Res. Decembrie 2014; 24 (12): 2077-89. doi: 10.1101 / gr.174920.114. Epub 2014 Oct 1. Alignathon: o evaluare competitiva a metodelor de aliniere a intregului genom.