Un pachet R pentru planificarea si analiza cercetarii metabarcoding
Metacoder este un pachet R pentru citirea, graficarea si manipularea unor seturi mari de date taxonomice, cum ar fi cele generate de secventierea moderna cu randament ridicat, cum ar fi metabarcodarea (adica metagenomica de amplificare, metagenomica 16S etc.). Ofera o vizualizare bazata pe copaci numita „copaci de caldura” utilizata pentru a descrie statistici pentru fiecare taxon dintr-o taxonomie folosind culoarea si dimensiunea. De asemenea, ofera diverse functii pentru a indeplini sarcini comune in bioinformatica microbiomului pe date in formatul taxmap definit de pachetul taxonilor, cum ar fi:
- Suma numarului de citiri / abundenta per taxon
- Conversia numararilor in proportii si rarefierea numararilor folosind vegan
- Compararea abundentei (sau a altor caracteristici) a grupurilor de probe (de exemplu, tratamente experimentale) per taxon
- Combinarea datelor pentru grupuri de esantioane
- PCR simulat, prin EMBOSS primersearch, pentru testarea specificitatii primerului si acoperirea grupurilor taxonomice
- Conversia formatelor comune de microbiomi pentru date si baze de date de referinta in obiectele definite de pachetul taxonilor.
- Conversia la si de la formatul phyloseq si formatul taxonilor
Instalare
Acest proiect este disponibil pe CRAN si poate fi instalat astfel:
De asemenea, puteti instala versiunea de dezvoltare pentru cele mai noi caracteristici, erori si remedieri de erori:
Documentatie
Toata documentatia pentru metacoder poate fi gasita pe site-ul nostru aici:
https://grunwaldlab.github.io/metacoder_documentation/
Dependente
Functia care simuleaza PCR necesita instalarea cautarii primare din setul de instrumente EMBOSS. Acesta nu este un pachet R, deci nu este instalat automat. Tastati „primersearch” dupa instalarea si incarcarea metacoderului pentru instructiuni de instalare.
Relatia cu alte pachete
Multe dintre aceste operatii se pot face folosind alte pachete precum phyloseq, care ofera si instrumente pentru analiza diversitatii. Principalul punct forte al metacoderului este ca functiile sale utilizeaza tipurile de date flexibile definite de taxoni, care are abilitati puternice de analiza si subsetare care iau in considerare relatia ierarhica dintre taxoni si datele definite de utilizator. In general, metacoderul si taxonii sunt mai degraba un set de instrumente abstracte, in timp ce phyloseq are functii mai specializate pentru datele diversitatii comunitatii, dar ambii pot face lucruri similare. Va incurajez sa incercati ambele pentru a vedea care se potriveste cel mai bine nevoilor si stilului dvs.
españolas guarras abuelas porno españolas
viejas con jóvenes follando a mi compañera de piso
nenas follando vende a su novia por dinero
porno con argumento viejas anales
corrida en el culo me follo a mi madre
orgasmosxxx porno espania
porno gay violacion follando en el monte
laura marano nude mujeres maduras corriendose
compartiendo novia tetas amaters
maduras follando y corriendose follando con mi amante
madurafollando videos chicas gratis
vidio xxxx amas de casa infieles
tetas en publico le pilla masturbandose
me follo a intercambio amateur
chicas altas follando videos ponos
follando despues de la fiesta porno loco
monica hoyos porno jovencitas muy calientes
pilladas playa putasfollando
maduras follando en español porno libre
come pollas porno caliente
De asemenea, puteti combina cele doua intr-o singura analiza prin conversia intre cele doua tipuri de date atunci cand este necesar.
Citare
Daca utilizati metacoder intr-o publicatie, va rugam sa citati articolul nostru in PLOS Computational Biology:
Foster ZSL, Sharpton TJ, Grunwald NJ (2017) Metacoder: Un pachet R pentru vizualizarea si manipularea datelor comunitatii diversitatii taxonomice. PLOS Computational Biology 13 (2): e1005404. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005404
Dezvoltare viitoare
Metacoder este in curs de dezvoltare activa si sunt planificate multe functii noi. Unele imbunatatiri care sunt explorate includ:
- Analiza decalajului cu coduri de bare si functiile de trasare asociate
- O functie care ajuta la recuperarea datelor secventei adecvate de la NCBI pentru PCR in silico din secvente de genom intreg
- Graficarea diferitelor forme de noduri in arborii de caldura, incluzand, eventual, grafice cu placinte sau PhyloPics
- Adaugarea capacitatii de a trasa lungimi specifice de margine in arborii de caldura, astfel incat sa poata fi folositi pentru arborii filogenetici.
- Adaugarea mai multor functii de import si export de date pentru a facilita analiza si scrierea formatelor comune.
Pentru a vedea detaliile la care se lucreaza, consultati fila probleme a site-ului Metacoder Github.
Licenta
Aceasta lucrare este supusa licentei MIT.
Multumiri
Principalele dependente ale metacoderului sunt taxoni, taxize, vegan, igraph, dplyr si ggplot2.
Acest pachet include cod din pachetul R ggrepel pentru a gestiona evitarea suprapunerii etichetelor cu permisiunea autorului ggrepel Kamil Slowikowski. Am inclus codul in loc sa depindem de ggrepel deoarece folosim functii interne pentru ggrepel care s-ar putea schimba in viitor. Ii multumim lui Kamil Slowikowski pentru ca ne-a permis sa folosim codul sau si dorim sa recunoastem implementarea etichetei de evitare a suprapunerii folosita in metacoder.
Feedback si contributii
Am dori sa aflam despre gandurile utilizatorilor asupra pachetului si despre orice erori in care se confrunta. Va rugam sa raportati erori, intrebari sau sugestii in fila Probleme a site-ului Metacoder Github. De asemenea, salutam contributiile printr-o solicitare de extragere Github. De asemenea, puteti vorbi cu noi folosind site-ul nostru de grupuri Google.
