AGHmatrix este un pachet R pentru a calcula matricile A (pedigree), G (genomic-baza) si H (A corectate cu G) pentru speciile diploide si autopoliploide. Suporta orice greutate chiar si ploidie si marker.
Sunt implementate urmatoarele matrice:
Matrice de relatii bazate pe pedigree (matrice A)
Additive Non-Additive Diploid Henderson (1976) Cockerham (1954) Polyploid Kerr (2012), Slater (2014)
Matrice de relatii pe baza moleculara (matrice G)
Additive Non-Additive Diploid Yang (2010), VanRaden (2012) Su (2012), Vitezica (2013) Polyploid Slater (2016), VanRaden (2012) Slater (2016), Endelman (2018)
Pedigree combinata si matrice de relatii pe baza moleculara (matrice H)
Any Effect Any Ploidy Munoz (2014), Martini (2018)
Un manuscris original despre dezvoltarea si aplicarea AGHmatrix in autotetraploizi este descris pe Amadeu, RR, C. Cellon, JW Olmstead, AA Garcia, MF Resende si PR Munoz, 2016 AGHmatrix: Pachet R pentru a construi matrici de relatii pentru specii autotetraploidice si diploide: a exemplu de afine. Genomul plantelor 9. doi: 10.3835 / plantgenome2016.01.0009 ..
Cum sa instalati
De la CRAN
In R:
De la github (versiunea de dezvoltare)
In R, trebuie sa instalati si sa incarcati pachetele devtools:
Acest lucru va va permite sa construiti si sa instalati automat pachete din github. Daca utilizati Windows, instalati mai intai Rtools. Pe un Mac, veti avea nevoie de Xcode (disponibil in App Store). Pe Linux, esti bine sa mergi.
Apoi, pentru a instala AGHmatrix din github:
Tutoriale
Puteti citi tutorialul AGHmatrix accesand vinietele pachetului instalat sau facand clic mai jos. Va rugam, incepeti cu prezentarea generala, care va va ghida prin alte capitole.
Tutorial AGHmatrix
Daca va confruntati cu probleme in inversarea matricei de relatii genomice, va rugam sa aruncati o privire la aceasta postare pe blog:
Cazuri frecvente pe care GRM nu le inverseaza
Mai multe despre noi
Bluberry Breeding & Genomics Lab, Universitatea din Florida – SUA
Laborator de statistica-genetica, Universitatea din Sao Paulo – Brazilia
Referinte
Amadeu, RR, si colab., 2016 AGHmatrix: pachetul R pentru a construi matrici de relatii pentru specii autotetraploid si diploid: un exemplu de afine. Genomul plantelor 9 (4). https://doi.org/10.3835/plantgenome2016.01.0009
Ashraf, BH, si colab., 2016 Estimarea eritabilitatilor genomice la nivelul esantioanelor familiale de ryegrass perene utilizand genotiparea prin secventiere. Genetica teoretica si aplicata 129: 45-52. https://doi.org/0.1007/s00122-015-2607-9
Endelman, JB si colab., 2018. Partitionarea variantei genetice si predictia la nivel de genom cu informatii despre dozarea alelelor in cartoful autotetraploid. Genetica , 209 (1) pp. 77-87. https://doi.org/10.1534/genetics.118.300685
Hamilton, MG, si colab., 2017 Calculul matricei de relatii aditive inverse pentru populatiile autopoliploide si cu mai multe ploidii. Genetica teoretica si aplicata . https://doi.org/10.1007/s00122-017-3041-y
Henderson, C, 1976 O metoda simpla pentru calcularea inversa a unei matrici de relatii numeratoare utilizate in predictia valorilor de reproducere. Biometrie pp. 69–83. https://doi.org/10.2307/2529339
Kerr, RJ, si colab.
milfs españolas follando sexo con cincuentonas
orgias familiares porno xxxxx
incestoxxx follando abuelas
porno parejas porno incesto italiano
le pilla masturbandose incesto italiano porno
descargar peliculas porno español follada a traicion
jovencita caliente chochitos jovenes
videos chicas gratis españolas amater
coños maduros realincest
tetonas gratis follando en silencio
subporno maduras gordas desnudas
comic maduras videos de sexo en español
follando en tenerife pollas peludas
pollas peludas hijo viola a su madre porno
pierre wodman comic porno en español
videos heroticos venezolanas maduras
madres españolas follando con hijos videos gays argentinos
follando rico maduras sensuales
cfnmwave.com me gusta follar
anita teen pillada por torbe buenas pajas
, 2012 Utilizarea relatiei numeratorului matricea navei in analiza genetica a speciilor autopoliploide. Genetica teoretica si aplicata 124: 1271-1282. https://doi.org/10.1007/s00122-012-1785-y
Liu, A. si colab., 2020. Cel mai bun pronostic liniar nepartinitor, genomic cu un singur pas, care integreaza variante selectate din secventierea datelor prin analize de asociere si bioinformatica. Genet Sel Evol 52, 48. https://doi.org/10.1186/s12711-020-00568-0
Martini, JW si colab., 2018, Efectul factorilor de scalare H $ ^ {1} $ $ \ tau $ si $ \ omega $ asupra structurii lui H in procedura cu un singur pas. Selectia genetica Evolution, 50 (1), 16. https://doi.org/10.1186/s12711-018-0386-x
Mrode, RA, 2014 Modele liniare pentru predictia valorilor de crestere a animalelor . Cabi. Ed. A 3-a
Munoz, PR, si colab., 2014 Adaugarea aditivului din efectele neaditive folosind matrici de relatii genomice. Genetica 198: 1759–1768. https://doi.org/10.1534/genetics.114.171322
Echipa R Core, 2016 R : Un limbaj si mediu pentru calculul statistic. Fundatia R pentru calculul statistic, Viena, Austria.
Resende, MF, si colab., 2012 Acuratetea metodelor de selectie genomica intr-un set standard de date de pin loblolly ( Pinus taeda l.). Genetica 190: 1503-1510. https://doi.org/10.1534/genetics.111.137026
Slater, AT, si colab., 2014 Imbunatatirea analizei trasaturilor complexe de ereditate scazuta pentru cresterea castigului genetic la cartof. Genetica teoretica si aplicata 127: 809–820. https://doi.org/10.1007/s00122-013-2258-7
Slater AT, si colab., 2016 Imbunatatirea castigului genetic cu selectia genomica la cartoful autotetraploid. Genomul plantelor 9. https://doi.org/10.3835/plantgenome2016.02.0021
Su, G, si colab., 2012 Estimarea variatiilor genetice aditive si non-aditive si prezicerea meritelor genetice utilizand markeri polimorfismi cu nucleotida densa unica la nivelul intregului genom. PloS one 7: e45293. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0045293
VanRaden, P, 2008 Metode eficiente pentru calcularea predictiilor genomice. Jurnalul stiintei lactate 91: 4414-4423. https://doi.org/10.3168/jds.2007-0980
Vitezica, ZG, si colab., 2013 Despre varianta si covarianta aditiva si dominanta a indivizilor din sfera selectiei genomice. Genetica 195: 1223–1230. https://doi.org/10.1534/genetics.113.155176
Yang, J, si colab., 2010 Snps-urile comune explica o proportie mare a ereditatii pentru inaltimea umana. Genetica naturii 42: 565-569. https://doi.org/10.1038/ng.608
