roluri chimice / roluri chimice

Relatii chimice

Acest depozit este menit sa gazduiasca legaturi intre termenii ChEBI care descriu diferite tipuri de inhibitori si tintele acestora in alte vocabulare. De exemplu, exista mai multi inhibitori de enzime care se refera la codurile clasei de enzime ExPASy, dar nu exista legaturi explicite in ChEBI care sa sustina acest lucru.

Vezi si: https://github.com/ebi-chebi/ChEBI/issues/3429

Licenta

• Codul din acest depozit se afla sub licenta MIT.
• Datele din acest depozit sunt sub CC0.

Citare

Extinderea rolurilor in ontologia ChEBI. Hoyt, CT, Mungall, C., Vasilevsky, N., Domingo-Fernandez, D., Healy, M. si Colluru, V. (2020). chemRxiv , 12591221.

Structura depozitului

• resurse /: Resurse curate manual
  • resources / xrefs.tsv: Adnotari structurate ale intrarilor ChEBI care descriu relatia cu un vocabular extern. De exemplu, termenul inhibitor CETP (CHEBI: 49205) descrie relatia de inhibare cu CETP (hgnc: 1869).
  • resources / reclassification.tsv: sugestii asupra carora entitatile mostenesc de la tipul gresit de rol de inhibitor ChEBI.
• export /: Rezultatele finale exportate prin combinarea informatiilor ChEBI OBO cu resursele curate manual in resurse /
  • export / relations.tsv: o combinatie a resurselor si rationamentelor curate manual (TODO) peste FamPlex, InterPro, GO, HGNC Gene Familes si ExPASy pentru a genera noi relatii intre instantele rolurilor curate aici.
• curate_chebi_relations.py: Scriptul python care sugereaza o noua curare folosind Gilda si genereaza resursele derivate in export /

Contribuind

1. Furcati depozitul si clonati-l cu:

1. Rulati fie tox -e chebi pentru a curata termenii ChEBI pe care Gilda a reusit sa-i caute, tox -e chebi-neintemeiat pentru a curata toti termenii ChEBI, fie tox -e mesh pentru a curata MeSH. De exemplu, reteaua tox -e de iesire va include ceva de genul:

mesh D064449 Agent agenti de sequestere? ? ? ? ? mesh D015842 Inhibitor de inhibitori ai serinei proteinelor? ? ? ? ? mesh D058825 Serotonina 5-HT1 Receptor Agonisti agonisti? ? ? ? ? mesh D058829 Serotonina 5-HT1 Receptor Antagonistii antagonisti? ? ? ? ?

1. Copiati / lipiti randurile pe care doriti sa le curatati la sfarsitul resurselor / xrefs.tsv. Completati ultimele 5 coloane, care sunt: ​​1. modulare (relatia) 2. tastati (tipul tintei) 3. target_db 4. target_id 5. target_name
2. Daca gasiti randuri care ar trebui incluse pe lista neagra in MeSH, adaugati-le la lista neagra din curate_mesh_relations.py. Daca gasiti randuri irelevante in timp ce curatati ChEBI, adaugati-le la resoures / irrelevant_roles.tsv. Acest lucru va fi reorganizat pentru a fi mai consistent pentru MeSH in curand.
3. Rulati tox -e scame pentru a va asigura ca nu ati facut mizerie
4. Faceti un PR inapoi la https://github.com/chemical-roles/chemical-roles.git

Surse de date

Sursele de date preluate automat

• ChEBI (https://www.ebi.ac.uk/chebi)
• Comitetul de nomenclatura genica HUGO la Institutul European de Bioinformatica. Consultati https://www.genenames.org/ pentru mai multe informatii
• UniProt (https://www.uniprot.org)
• FamPlex (https://github.com/sorgerlab/famplex)
• ExPASy (https://www.expasy.org/)

Surse de date cu referinta manuala

• Ontologie genica (http://geneontology.org)
• EFO (https://www.ebi.ac.uk/efo)
• NCIT (https://ncit.nci.nih.gov)

rezumat

In ziua de 22 februarie 19:33:50 2021, exista 836 de roluri organizate la export

Activator numarare modulatie 15 Agonist 87 Antagonist 94 Inhibitor 629 Agonist invers 2 Modulator 9 Tip entitate tinta Numar proces biologic 42 Chimica 14 Functie moleculara 39 Organism 9 Fenotip 15 Proteina 126 Complex proteic 15 Familie proteina 576 Numar baza de date tinta Chebi 13 ecod 499 efo 11 fplx 43 go 88 hgnc 110 hgnc.genefamily 9 hp 6 interpro 1 mesh 29 ncbitaxon 9 ncit 1 pr 15 uniprot 2

Axiome

Unul dintre obiectivele principale ale acestui depozit este de a oferi un cadru pentru rationamentul asupra rolurilor (sau familiilor) din ChEBI care nu au suficiente metadate.

Entitate fizico-chimica si proces chimic

Aceasta repo adnoteaza relatiile dintre rolul chimic X si proteina Z astfel incat:

• X isA chebi: agonist
• Y are rolul X
• Y agonistOf Z

Poate fi, de asemenea, argumentat asupra ierarhiei copiilor chimice Y astfel incat:

• X isA chebi: agonist
• Y are rolul X
• Y agonistOf Z
• y esteA * Y
• y agonistOf Z

Aceasta repoare adnoteaza relatiile dintre rolul chimic X si familia de proteine ​​Z astfel incat:

• X isA chebi: agonist
• Y are rolul X
• Y agonistOf Z
• z esteA * Z
• Y agonistOf z

Si o combinatie atat a ierarhiei copiilor cu substante chimice Y, cat si a copiilor din familia de proteine ​​Z astfel incat:

• X isA chebi: agonist
• Y are rolul X
• Y agonistOf Z
• y esteA * Y
• z esteA * Z
• y agonistOf z

In general, acest depozit mapeaza multe roluri ChEBI R la relatiile r astfel incat:

• X este A R
• Y are rolul X
• R rolHasRelation r
• Y r Z
• y esteA * Y
• z esteA * Z
• yrz

Chimica si activitate

Aceasta repoare adnoteaza relatiile dintre rolul chimic X si activitatea A

• X areRole R
• R rolHasActivityRelation ar
• X ar A

Cand acest lucru este adevarat, putem deduce in continuare actiunea rolului chimic X asupra proteinei P care are activitate A:

• R roleHasEntityRelation er
• P este o proteina
• P areActivitatea A
• X er P