DaStraub / miPFinder

MiPFinder: identificarea pe specii incrucisate la nivel de genom a microProteinelor conservate in evolutie. Aici este descris miPFinder, un program pentru identificarea microProteinelor, regulatori noi ai functiei proteinelor. MiPFinder incepe cu un set de secvente de proteine ​​si ia in considerare informatii despre dimensiunea proteinelor, similitudinea secventei si compozitia domeniului pentru a crea o lista de candidati miP. Aceasta versiune (v1) a fost publicata. Algoritmul este disponibil sub licenta GPLv3 la https://github.com/DaStraub/miPFinder INFORMATII GENERALE Programul miPFinder are o singura linie de comanda in promptul de comanda Windows (de exemplu, „python miPFinder.py -f protein.fasta -p ProteinGeneList .tsv -a adnotare.tsv ”). Cerinta minima de intrare este un fisier fasta simplu cu toate secventele de proteine ​​(„-f”), totusi un fisier cu adnotari de proteine ​​(„-a”) va ajuta selectia miP enorm. Pentru adaugarea informatiilor din domeniul interactiunii proteina-proteina, este necesara o baza de date a domeniului Pfam („-d”) si un fisier care specifica domeniile de interactiune („-i”). Mai mult, un fisier care specifica relatia proteina-gena („-p”) va permite detectarea cis-miP, filtrarea stramosilor supusi pentru cea mai lunga varianta de imbinare si eliminarea variantelor redundante de imbinare candidat la miP. Parametrii pentru miP maxima si lungimea minima a stramosilor pot fi reglati („-M” si „-A”, respectiv, setare standard: 140 si 250), precum si toate valorile limita. miPFinder este construit cu Python v2.7.9 care ruleaza pe Microsoft Windows 7 si utilizeaza hmmer v3.1b1, blast + v2.2.29, clustalw v2.1, dar orice versiune python2, hmmer3, blast2, clustalw2 si Microsoft Windows ar putea fi suficienta. Calea catre dependente (hmmer, blast, clustalw2) trebuie specificata, daca programele accesorii nu sunt setate ca variabile de mediu, folosind argumentele liniei de comanda „-H”, „- B”, „- C”, respectiv. MipFinder va verifica disponibilitatea fisierelor de intrare specificate si functionarea corecta a tuturor dependentelor inainte de fiecare rulare. Pentru informatii suplimentare despre cerintele de intrare si sursele de date, consultati mai jos. INTRARE DETALIATA – UTILIZARE python miPFinder_v1.py -f FASTA.fasta [DEPENDENTE, BAZE DE DATE, ALTE VARIABILE] – NECESAR – Fisier secventa („-f”, „–fasta”) Fisier FASTA al tuturor proteinelor, recomandat: http: / /www.phytozome.net, http://www.ensembl.org/, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq -> fisiere protein.faa Toate fisierele suplimentare (cum ar fi -S, -p , -a, -l) trebuie sa aiba acelasi identificator de secventa ca acest fisier fasta. – DEPENDENTE – Calea BLAST (‘-B’, ‘–blast’, implicit = ”) Calea / catre / folderul blast /, disponibil la ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/ „Se asteapta ca comenzile„ makeblastdb.exe ”si„ blastp ”sa functioneze atunci cand vizati acel folder. – Calea CLUSTALW2 (‘-C’, ‘–clustalw’, implicit = ”) Calea / catre / folderul clustalw2 /, disponibil la http://www.clustal.org/clustal2/ ‘Se asteapta “clustalw2.exe “. – Calea HMMER (‘-H’, ‘–hmm’, implicit = ”) Calea / catre / hmmsearch-folder /, disponibila la http://hmmer.org/ ‘Se asteapta “hmmsearch.exe”, “hmmbuild .exe “si” hmmscan.exe “. – BAZE DE DATE – Baza de date STRING (‘-S’, ‘–STRING’) STRING: baza de date STRING v10, de exemplu pentru Arabidopsis 3702.protein.links.detailed.v10.

corridas de viejas incestos lesbicos
porno rural travestis españolas
abuela caliente maduras a cuatro patas
videos de travestis en español sexso
pilladas sin bragas se la chupa mientras duerme
follando con las vecinas porno gratis abuelos
porno violada videos porno xxx incesto
maduras sensuales tragando semen xxx
meadas gay jovencitos follando con maduras
folladas en la cocina xxporn
come pollas padre se folla a su hija
cincuentona española follando lesbianas maduras españolas
orgasmosxxx porno guey
vecinas cachondas shakira follando
intercambio de parejas en español sexo guarro
monjas folladoras maduras enculadas
abuelas a cuatro patas viejas feas
hentai scat sexo gratis incesto
sexporn putas en vic
tetas espectaculares descargar peliculas porno español

txt, disponibil la http://string-db.org /cgi/download.pl ‘. – Baza de date PFAM (‘-d’, ‘–PfamA’) Baza de date Pfam in. format hmm, de ex. Pfam-A_v28.hmm, disponibil la ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/ ‘. – Baza de date iPFAM („-i”, „–iPfam”) Baza de date iPfam, fisier de interactiune homodominiu si heterodominiu combinat, disponibil la http://www.ipfam.org/. Formatul asteptat este de 3 coloane pentru interactiunile homodominii si 5 coloane pentru interactiunile heterodominiale. Informatii despre interactiunea Homodomain (c = coloana): ID Pfam (c1), fie „ambele”, fie „interchain” (c3), prin urmare, domeniile de interactiune „intracatena” vor fi omise. Informatii de interactiune cu heterodominiu (c = coloana): ID Pfam (c1), ID Pfam (c3), fie „ambele”, fie „interchain” (c5), prin urmare, domeniile de interactiune „intracatena” vor fi omise. – Relatia proteina-gena (‘-p’, ‘–ProteinGeneList’) Lista de identificatori ai proteinelor si genelor. Informatii relevante (c = coloana): ID proteina (c1), ID gena (c2); fila separata – Fisier de adnotare (‘-a’, ‘–annotation’) Fisier de adnotare pentru fisierul FASTA. ID-urile de proteine ​​trebuie sa se potriveasca cu ID-urile din fisierul FASTA. Informatii relevante (c = coloana): ID proteina (c1), Descriere (c2); fila separata – Fisier de adnotare a domeniului (‘-m’, ‘–hmmscanDB’) Fisier de adnotare a domeniului in formatul “–domtblout” al hmmscan (http://hmmer.org/). Acest fisier ar putea fi punctul de intrare pentru un fisier de adnotare de domeniu personalizat. Informatii relevante (c = coloana): ID proteina (c4), acces Pfam (c2), valoare E (c7), c-Evalue (c12), ali coord de la (c18), ali coord la (c19), descriere Pfam (c23) – ID-uri de interes (‘-l’, ‘–IDlist’, dest = ‘IDlist’, implicit = miP-uri cunoscute) Lista separata de punct si virgula a ID-urilor care vor fi cautate impotriva ID-urilor de proteine ​​candidate miP si raportate in tabelul de rezultate finale. miPs cunoscute = ‘AT5G39860.1; AT1G26945.1; AT5G15160.1; AT3G28857.1; AT1G74500.1; AT3G47710.1; AT4G15248.1; AT3G21890.1; AT3G28917.1; AT1G74660.1; AT1G18835.1; AT1G14. 2; AT3G58850.1; AT2G42870.1; AT1G01380.1; AT2G30424.1; AT5G53200.1; AT2G30420.1; AT2G30432.1; AT2G46410.1; AT4G01060.1; AT3G52770.1 ‘- ALTE VARIABILE – Prefix fisier de iesire (‘-s’, ‘–species’, implicit = ‘NA’). – Lungimea maxima a unei microProteine ​​in aminoacizi („-M”, „–maxMIPlength”, implicit = 140). – Lungimea minima a unui stramos de microProteine ​​in aminoacizi („-A”, „–minANCESTORlength”, implicit = 250). – Limita de valoare E pentru cautarea Blast („-L”, „–blastCUTOFF”, implicit = 1e-3). – STRINGcolumn: Coloana din fisierul STRING care este comparata cu STRINGminscore. STRING v10: 2 = vecinatate, 3 = fuziune, 4 = coocurenta, 5 = coexpresie, 6 = experimental, 7 = baza de date, 8 = textmining, 9 = combinat_score (‘-c’, ‘–STRINGcolumn’, implicit = 9) . – STRINGminscore: Scorul minim in fisierul STRING din coloana STRING De exemplu, 900 = incredere foarte mare, 700 = incredere ridicata, 400 = incredere medie, 150 = incredere scazuta („-e”, „–STRINGminscore”, implicit = 400). – Domenii Pfam: suprapunere minima a unei microProteine ​​cu un domeniu adnotat („-O”, „–overlapCUTOFF”, implicit = 0,6). – Limita E-valoare pentru HMMscan si HMMsearch (‘-E’, ‘–evalueCUTOFF’, implicit = 0,1). – c-Evalue cutoff pentru HMMscan si HMMsearch (‘-V’, ‘–cvalueCUTOFF’, implicit = 0,05). IESIRE – FISIERE – “<prefix> _miPlist. Reutilizarea acestui folder in rularile miPFinder ulterioare ale aceluiasi fisier FASTA va economisi timp. – „tempfiles” Contine fisiere CLUSTALW si HMMER care nu sunt utilizate in rularile miPFinder ulterioare sau furnizeaza orice informatii in „<prefix> _miPlist.txt”. Poate fi util pentru depanarea in caz de esec al programului. CITATIE Daniel Straub, Stephan Wenkel: identificarea pe specii incrucisate la nivel de genom a microProteinelor conservate in evolutie. bioRxiv 061655; doi: http://dx.doi.org/10.1101/061655 Reutilizarea acestui folder in rularile miPFinder ulterioare ale aceluiasi fisier FASTA va economisi timp. – „tempfiles” Contine fisiere CLUSTALW si HMMER care nu sunt utilizate in rularile miPFinder ulterioare sau furnizeaza orice informatii in „<prefix> _miPlist.txt”. Poate fi util pentru depanarea in caz de esec al programului. CITATIE Daniel Straub, Stephan Wenkel: Identificarea pe specii incrucisate la nivel de genom a micro-proteinelor conservate in evolutie. bioRxiv 061655; doi: http://dx.doi.org/10.1101/061655 Identificarea speciilor incrucisate la nivelul genomului micro-proteinelor conservate evolutive. bioRxiv 061655; doi: http://dx.doi.org/10.1101/061655 Identificarea speciilor incrucisate la nivelul genomului micro-proteinelor conservate evolutive. bioRxiv 061655; doi: http://dx.doi.org/10.1101/061655